Sinds 1985 is hij hoofdorganist van de Utrechtse Sint-Catharinakerk, de kathedraal van het Aartsbisdom Utrecht. Hier heeft hij zich met succes ingezet voor behoud en restauratie van het monumentale Maarschalkerweerd-orgel uit 1903. Ook op zijn initiatief is in deze kerk in 2012 een fraai Engels koororgel uit 1852 geplaatst. In de rijke muzikale traditie van deze kathedraal werkt hij samen met het Kathedrale Koor Utrecht en de Kathedrale Koorschool Utrecht.

Daarnaast treedt hij op als concertorganist. Zijn repertoire concentreert zich op 20e eeuwse Franse en vooral Nederlandse muziek, met speciale aandacht voor de orgelmuziek van Hendrik Andriessen en Herman Strategier, zijn illustere voorgangers aan de Utrechtse kathedraal. In oktober 2013 verscheen een cd van Wouter van Belle met een overzicht van de orgelmuziek van Herman Strategier.

Al vele jaren is Wouter een graag geziene koorbegeleider op zowel piano als orgel in een zeer uitgebreid repertoire. Hij is vaste begeleider van het Toonkunstkoor Utrecht en het Residentie Bachkoor in Den Haag, maar ook vele andere koren in de Randstad vragen Wouter regelmatig als concertbegeleider.

De laatste jaren is Wouter actief geworden als componist van koor- en orgelmuziek waarvoor hij regelmatig opdrachten ontvangt. Zo schreef hij in 2011 de ‘Kruiswegsonnetten’ voor kamerkoor en houtblazers, in 2012 componeerde hij ‘Zoals een hert’, een zetting van psalm 42 voor koor, solisten en orkest. In januari 2014 vond de première plaats van ‘Stationen auf dem Wege zur Freiheit‘, op een tekst van Dietrich Bonhoeffer, een liedcyclus voor bariton, viool, cello en piano. In juni 2014 was in Laren (N.H.) de première van de ‘St.-Janshymne’, een feestelijk werk voor koor en orgel.

Wouter heeft een privépraktijk als piano- en orgeldocent in Utrecht. Naast de muziek hebben vooral fotografie en schilderkunst zijn grote belangstelling.